Hieronder volgt een opsomming van de belangrijkste administratieve verplichtingen die een organisatie heeft wanneer zij als werkgever wordt aangemerkt.

- Loonbelastingverklaring: deze moet de werkgever in laten vullen bij indiensttreding van de werknemer. Bij wijziging dient er een nieuwe verklaring ingevuld te worden.
- Loonstaat: de werkgever dient hierop de belangrijkste gegevens van de werknemer en zichzelf in te vullen, de vaste onkostenvergoedingen en de berekening van het netto uitbetaalde loon (brutoloon minus inhoudingen) bij te houden. Voor de berekening van het nettoloon gebruikt men de loonbelastingtabellen, waarin de aftrekposten reeds verwerkt zijn.
- Loonbelastingkaart: per werknemer wordt hierop het brutoloon en de ingehouden loonbelasting vermeld. Deze kaart dient ingeleverd te worden bij de fiscus. De werknemer ontvangt een kopie hiervan of een jaaropgave.
- Identificatieplicht: elke werknemer die in dienst treedt is verplicht zich aan de hand van een geldig document te identificeren. De identiteitsvaststelling moet gebeuren aan de hand van een van de volgende documenten:
1. Nederlands paspoort;
2. (jeugd)toeristenkaart;
3. gemeentelijke identiteitskaart;
4. verblijfsdocument (A t/m E);
5. nieuw verblijfsdocument (ter vervanging van A t/m E);
6. (elektronisch) W-document;
7. vreemdelingenpaspoort;
8. vluchtelingenpaspoort;
9. niet-Nederlands paspoort waarin door de vreemdelingendienst een 'vergunning tot verblijf' is aangetekend.
De identiteit mag niet worden vastgesteld aan de hand van een rijbewijs.

Bij de loonadministratie moeten voor iedere werknemer ook gegevens worden geadministreerd met betrekking tot:

- Bepaalde vergoedingen, uitkeringen en verstrekkingen die niet tot het loon worden gerekend, zoals:
1. kilometervergoedingen, ook het aantal kilometers moet worden geadministreerd;
2. studiekostenvergoedingen;
3. vergoedingen voor bijzondere ziektekosten;
4. éénmalige uitkeringen en verstrekkingen ter zake van het overlijden van de werknemers, zijn echtgenoot of zijn huisgenoot als die voldoet aan de voorwaarden om voor overdracht van de basisaftrek aan de werknemer in aanmerking te komen, zijn eigen kinderen, stiefkinderen en pleegkinderen, voorzover deze uitkeringen niet drie maal het loon over een maand overtreffen;
5. verstrekkingen met een ideële waarde;
6. vergoedingen terzake het woon-werkverkeer;
7. jubileumuitkeringen (25 of 40 jaar diensttijd van de werknemer);
8. feestdagenuitkeringen.
- Afschriften van beschikkingen en goedkeuringen.
- Reiskostenregeling (kaartjes en abonnementen) voor het openbaar vervoer.
- Carpoolregeling.
- Rekeningen kinderopvang.
- Afschrift identiteitsbewijs.
- Vermindering lage lonen, per werknemer voor wie een vermindering wordt toegepast moet een administratie worden bijgehouden waaruit het bedrag van de toegepaste
vermindering blijkt.
- Vermindering langdurig werklozen (zie vermindering lage lonen); tevens moet de verklaring langdurig werkloze bij de loonadministratie worden bewaard.
- Vermindering onderwijs (zie vermindering lage lonen); tevens dient de leerovereenkomst bij de loonadministratie te worden bewaard.